明清两代的制度，其歧异最大的莫如军事制度。两代的军制是在不同历史背景下和民族关系中发展起来的，所谓"清沿明制"，并不包括军制在内。
以下分述之：
一、明代的军制
明代的军事机关体制是经过几度调整变革然后才比较固定下来的。
以中央军事领导机关来说，起义时期，朱元璋以都元帅身份自主行枢密院事，亲自指挥全盘军事，以后，改行枢密院为大都督府，设大都督一人，名义上是"节制中外诸军事"，其实，一切大小军政，包括军官任免、军队调遣、战役指挥、战略考虑等，都由都元帅决定，大都督府不过是主持后勤给养。军丁军户管理、考绩、马政等日常事务。大都督当然也要统军作战，但只能奉命进止，不许擅作主张。当时，朱元璋在行中书省内设户、礼、刑、工四部，独不设吏、兵二部，正说明人事和军事大权不容假借于人。即使如此，到吴元年（公元1364 年）还是对此作了部分的调整，虽然仍保留大都督府，但裁免去大都督一职不设，改设左、右都督、同知都督、副都督、佥都督若干人，均为大都督府的长官。很显然，这样做的目的是为了众设多官而分其事权。
明王朝建立后，在中书省下的六部已有兵部，这对一个统一的封建大帝国来说，是实不可少的。明初，将原来由大部督府掌管的武官任免、考绩、荫袭、军队的训练、后勤给养、军丁军户管理等军事行政工作划归兵部掌管，大都督府仅保留统率全国军队的职权。
到洪武十三年（公元1680 年），在撤废中书省的同时，朱元璋也宣布彻底改组大都督府，将大都督府分设为前、后、中、左、右五军都督府。中书省和大都督府的同时大变动，是当时明王朝中央军政制度大改组的两翼，其重要意义实不相上下。当时还规定，五军都督府互不统辖，应该分别与兵部直接联系工作，而统一奏请皇帝裁定。每一个都督府内又都设有一小群都督，计有左右都督、都督同知、都督佥事、副都督等，俱为负责官员，由朝廷指定各都督府分别统率全国各都司、卫、所，不得随便变动。至仇，统军的部门便一分而为五，领导人更是由一个增加到好几十个。任何统军的都督都绝不可能率本部军兵与朝廷对抗了。
其实，任何一个都督府及其中的任何一个都督，连率领本部军兵的权力也是没有的。因为明王朝还规定：兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统军之权而无出兵之令。有军事行动时，兵部奏请委派某一都督府某一都督率兵出战，而分调其他各都司、卫、所的兵丁归其指挥。军事行动结束，将帅即归回原都督府，兵丁归回原工所建制。这种体制显然是为了防范军权旁落，是为了对将帅们的职权有意掣时，其必然结果是，要付出大大削弱自己军事威力的代价。
明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。
都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关，辖有若干个卫和所。都指挥使司是省一级"三司"之一，设都指挥使一人，都指挥同知二人，都指挥佥事四人，还根据需要设置若干僚佐胥吏。全国各个都指挥使司分别辖属五军都督府领导。
在都司以下，军队的组织分为卫、所两级。每卫设指挥使一人为长官，大体上统兵5600 人。卫以下再分为五个千户所（最早是每卫辖十个千户所，后改为五个），设千户为长官，统兵1120 人。千户所以下再分为十个百户所，设百户，统兵为12 人。在百户之下设总旗二，每个总旗领小旗五，每小旗领军10 人。
卫、所的分布，主要根据军事的需要，一般在形势险要的地方设卫，以下再分设千户所为军事据点。除此以外，明代还设有专门的特殊卫所和军队，如所谓亲军各卫，又叫上十二卫，是专门负责警卫星宫皇城的御林军，其中的锦衣卫还逐渐发展成为特种的镇压部门，由皇帝直接指挥做缉捕刑狱的工作。这些卫不归五军都督府统率，直属皇帝指挥。又如在军队中设有京军三大营，也是皇帝直属的装备最好、训练校精的特种部队，五军都督府对它们是无权过问的。
二、清代的军制
清代军制是从八旗制度发展而来，并以旗作为军事编制的单位。满族崛起于东北初期，军制即政制，两者并无重大区别。随着后金国势力的迅猛发展，天聪八年（公元1634 年），开始定八旗年军官职名，按班章京相当于总兵，梅勒章京相当于副将，甲喇章京相当于参将，牛录章京相当于守备。九年，增编蒙古八旗，设官与满洲八旗同。崇德七年（公元1642 年），又增编汉军八旗，设官与满洲、蒙古八旗同。因此，在入关前夕，清朝在关外，已有满、蒙、汉军共24 旗，兵额达10 余万人。各旗以旗统人，即以旗统兵。
凡隶旗籍的，均有军籍。当时，各旗主即为一旗之长，身兼行政长官与军事指挥官双重责任，组织比较单纯，指挥也比较灵活有效率，令行禁止，具有很强的战斗力。
但应指出，这种严格地按照不同民族组成不同军队的原则，虽然各旗在编制形式上大体相同，但它们的兵源、待遇以及在政权内的地位和作用都是很不相同的。满洲八旗是清代军事力量的核心，蒙古和汉军八旗始终处于附庸的地位。在满洲八旗中，又以正黄、正白、镶黄为上三旗，名为天子亲军，可以入充侍卫，其地位更在其他五旗之上。清统治者是有意按民族分差别组建成等级地位不同的军队，借以加强控制。
清自入关以后，正规军有两种，一种是原有的满、蒙、汉军八旗兵；另一种是绿营兵。在兵源上，八旗兵是世代军籍，绿营兵是由招募而来的。在理论上，在八旗内部仍然保持着"人尽为兵"的制度。但由于入关后八旗子弟繁衍甚多，而各旗的军额却有一定的数量限制，故此，只能按照兵种类别和规定的额数，在旗下各佐领所属人丁内挑选一部分入伍，称为"额兵"。
"额兵"以外有"随甲"，是军官的随从。此外均称为"余丁"。"余丁"仅能领一份钱粮以维持生活，不能领全份军饷。"余丁"和不满16 岁的"幼丁"，可以被挑选为"养育兵"，亦即预备兵。在绿营方面，它的编制基本上是沿袭明代而来的，初时多是入关后改编的明军和新招的汉人部队，以后补充的兵员则是由应募而来的，是一种雇佣兵。
在编制上，八旗兵又分为"禁旅八旗"和"驻防八旗"。
"禁旅"，是八旗兵中留驻京城的部分，是禁卫军性质的部队。在这支禁卫军中又可以分为郎卫和兵卫两种。郎卫又称亲军营，主要负责保卫宫廷和作为皇帝的随从武装，是皇帝身边的亲军。郎卫俱由领侍卫府统辖，全部官兵都是从正黄、正白、镶黄等所谓上三旗的人员中挑选的，由这三个旗各派二人为领侍卫大臣以率领之。兵卫主要负责卫戍京师的工作。在兵卫中又分护军、骁骑、前锋、步军各营。又在各营内（包括亲军各营）挑选更精锐者编为神机营、健锐营、火器营、虎枪营等特种兵。这些特种兵都受过专门的训练，配备有当时最锐利的武器，清廷企图不断以新的军事技术和装备来加强自己的亲军，作为王朝的基本镇压力量，不但用以保证皇帝的绝对安全和畿辅地区的稳定秩序，亦用以镇慑其他各军。
驻防八旗是清廷分别派遣在全国各地的武装力量。驻防制度是与清朝的军事征服同时产生和发展起来的。满族在向外扩张的时候，每得一地，总要留一小部分军队来驻守，用以确保占领并监视当地的人民。公元1644 年清兵入关后，陆续派军队驻扎在保定、德州、江宁、济南、太原等地，遍及于全国务冲要大城。另外，在盛京、北京、江宁、杭州、成都、广州等地设驻防将军，负责统辖本区内的八旗部队，集中较多的军队作为控制各地的据点，遇有什么警报，便于就地迅速镇压。正因此，驻防各地的旗军就必然处在同当地人民对立的地位，对于人民的压迫和拢害比一般军队更甚。但另一方面，清王朝对于驻守在各地的八旗军也是不放心的，它最惧怕驻防八旗与汉族人民在长期共处当中会被自然融合。因为由一个人口较少、经济文化比较落后的民族对全国以汉族为首的人口众多、又富于反压迫传统的各族人民实行统治，本来是不容易的。于是清朝统治者便从维护统治及其狭隘利益出发，制定了许多限制驻防各地的八旗军和当地各民族之间交往的规定。一方面，一再鼓励他们保持"国语骑射"的习惯，定期演习考试，以保持武装镇压的力量，抵抗融合的自然趋势：另一方面还规定，旗人不许与当地各族人民通婚，旗人子弟不许在驻地应科举考试，甚至规定驻守各地的八旗军及其家属必须与当地人民分界而居，另立"旗城"。最初还规定，连驻防官兵身故之后，也必须把骸骨运回北京埋葬，家属必须回京居住，不许在当地入籍。这种人为地制造民族间隔阂和抗拒民族之间自然往来融合的做法，正如同此前各个封建朝代从大汉族主义出发对少数民族强迫同化一样，都是反动的。
绿营的编制和八旗兵不同，它在很大程度上因袭了明军的建制。大体上是以营作为军队的基层单位，每营应有兵500 人。除少数留驻北京的称为京营（又称巡捕营），隶属于步军统领外，绝大多数都分驻各省。按照地方的大小远近、险要程度等决定驻扎的营数。绿营由地方上的总督、巡抚、将军等统辖。由总督统辖的叫"督标"，巡抚统辖的叫"抚标"，提督统辖的叫"提标"，总兵统辖的叫"镇标"，将军统辖的叫"军标"（只有四川、新疆设置）。除此之外在有些地区，还没有"河标"和"漕标"。标以下设协，副将统之，协以下设营，参将、游击、守备分别统之，营以下还有讯，千总、把总、外委等分别统之。就兵种说，有马兵、战兵、守兵之分，濒海濒江之地还有水师。清初绿营兵有90 多万，康熙以后缩编为60 余万。由于普遍吃"空额"，实际上远远不到此数。